Ve středu 19. 10. 2016 kolem osmé hodiny ranní SELČ dorazila od sondy JUNO nemilá zpráva. Na sondě byl asi 13 hodin před prvním těsným přiblížením k Jupiteru aktivován bezpečnostní režim a veškeré vědecké přístroje se vypnuly. Důvodem bylo nejspíše přetížení hlavního počítače sondy, které vedlo k jeho restartu a aktivaci bezpečnostního režimu. Automaticky byla obnovena funkce antény aby bylo možné zjistit, co konkrétně zavinilo tento problém. Jelikož v době problémů se sonda nacházela v jednom z nejnižších bodů průletu, což samozřejmě znamená ztrátu spousty dat, které mohla sonda získat.
Po usilovné práci vědeckého týmu na co nejrychlejším obnovení sondy do normálního stavu se 24. září zadařilo a sonda opustila bezpečnostní režim. Momentálně je sonda plně provozuschopná a reaguje na všechny příkazy ze Země.
Sonda též úspěšně 25. 10. uskutečnila brzdný manévr, který trval cca 31 minut a byl plně automatický bez kontroly ze Země. Tento manévr byl součástí přípravy na těsný průlet kolem Jupiteru 11. 12. 2016. Sonda při něm změnila rychlost o 2,6 m/s.
